산업연구원은 보고서를 통해 정부가 8.31 부동산종합대책에서 양도소득세 과세를 실거래가격 기준으로 전환하고 양도차익에 대한 세율 강화로 실거래가격 6억원 이상의 고가주택은 「소득세법」에서 정하고 있는 1세대 1주택의 비과세 적용 대상에서 배제됨에 따라 1세대 1주택 장기 주택소유자, 노령자 등의 주택 교체수요도 위축되고 있다고 하면서 주택거래 활성화를 위해서는 이에 대한 개선이 필요하다고 지적하였다.
자료에 따르면 현재 양도소득세 부담으로 인해 1세대 1주택으로 장기 주택소유자, 노령자 등의 주택 교체수요도 위축되고 있으며, 서울 강남의 46평형 아파트(시가 17억원 가정) 매각시 양도소득세 및 기타 비용으로 3억원 소요, 자산가치 감소를 감내하면서 타 지역으로 이주하려는 경제적 유인이 부족하다는 지적이다. 또한, ’77년 당시 고가주택은 기준시가 5천만원 이상 연면적 100평 이상의 주택으로서 사회의 극소수 계층이 향유하는 사치재로 인식되었는데, 주택가격 상승에 따라 고가주택 기준은 지속적으로 상승, 최초 5천만원에서 ’89년 1억8천만원, ’91년 5억원, ’99년부터 실거래가격 6억원 이상으로 조정되었다. 그러나 ’06년 6월 현재, 실거래가격 6억원 이상의 고가주택은 전체 공동주택의 3.9% 이상, 전체 아파트의 4.9% 이상인 것으로 추정되고 있는데, ’99년 6억원의 주택가격을 소비자물가 상승률을 감안하여 ’06년 기준으로 추계하면, 전국 주택가격은 7.4억원, 주택매매가격 상승률을 감안하면 주택은 8.7억원, 아파트는 10.6억원 수준으로 추정되어 현재 기준이 낮게 책정되었다는 분석이다.
따라서, 앞으로 주택거래 활성화를 위해서는 현행 「소득세법」체계 내에서 투기와 무관한 1세대 1주택로 장기 주택소유자에 대해 고가주택 기준을 상향하고, 장기보유특별공제율 범위의 세분화 및 공제율 상향 조정이 필요하다고 지적하였다.